あいにく振込ファイルを再生成する機能はありません。
伝票生成した内容を一度リセットしてやり直す必要があります。

①　生成した支払伝票の削除
 　　［支払管理］－［支払仕訳一覧］で該当の伝票を削除

②　未払伝票の状態を「済み」→「未払」に修正
　　伝票表示等で未払伝票を表示し編集状態にして「済み」→「未払」に変更

以上の作業を該当伝票全てで行うと、自動支払業務の対象として挙がってくるようになります。
その後、再度自動支払業務を行い振込ファイルを作成してください。