休日設定で、土曜日の「開所日数に含む」にチェックが入っている可能性があります。
以下の手順で設定内容を確認・変更してください。

①［マスタ設定］－［休日設定］を開きます。
②画面右上の＜所属・認定区分別設定＞をクリックします。
③画面左部より該当の所属を選択します。
④画面下部の＜修正 F2＞をクリックし、該当日付の「開所日数に含む」欄のチェックを外します。
⑤画面下部の＜登録 F1＞で保存します。

変更後に再度提出書類を出力してください。