Web公開設定で「差引支給額がマイナスの場合ダウンロードを許可しない」にチェックが入っている可能性があります。

差引支給額がマイナスの給与明細をダウンロードできるようにする場合は、一度、Web公開を解除してください。

その後、再度Web公開を行い、「差引支給額がマイナスの場合ダウンロードを許可しない」のチェックを外して公開してください。