［システム設定］－［システム条件設定］で、「仕訳からの資産登録：同一伝票内で同一科目の資産は合算登録する」にチェックが入っている場合、同一伝票内の同一科目の金額が合算され、1つの資産として登録されます。

複数の資産に分けて登録する場合は、このチェックを外してから［仕訳関連］－［仕訳からの登録］を行ってください。

補足～
すでに合算して登録された資産は、設定を変更しても自動では分割されません。
登録済みの資産の登録内容を修正し、もう一方の資産を手動で登録してください。