基礎届の「基礎日数区分」が設定されていない可能性があります。

育休中などで支払基礎日数が17日未満となる場合は、該当月の「基礎日数区分」に「17日未満」を設定し、再度ファイル作成を行ってください。

～補足～
基礎届の「休職年月」に育休等の開始年月を反映する場合は、［職員情報］－［基本情報］の「休職管理」タブで「開始日付」と「休職区分」を登録してください。

「終了日付」が登録されている場合は「休職年月」に反映されないため、終了日付は休職終了後に登録してください。