以下の手順で精算処理をやり直してください。

①年末調整を精算した12月給与をロックします。
②該当者の年末調整データがロックされている場合は、ロックを解除します。
③個人明細書画面を開き、「28）配偶者の合計所得金額」を修正したら、＜OK＞ボタンをクリックします。
④［精算］メニューをクリックし、「精算方法指定：現金」を選択して＜精算＞ボタンをクリックします。
⑤「精算記録」の2行目に「現金」と表示された金額で調整してください。プラス：還付、マイナス：徴収です。
⑥年末調整の処理をすべて終えたら、［年調状態設定］－［現金精算状態設定］を開きます。「精算2」にチェックして「処理済」を選択し、＜OK＞ボタンをクリックします。
⑦修正後の源泉徴収票を印刷し、年末調整データをロックします。