このメッセージは「配偶者有無の設定」と「配偶者の合計所得金額」に矛盾がある場合に表示されます。
「年末調整」タブの「28）配偶者の合計所得金額」欄に133万円以下の金額が入力されていて、配偶者控除・配偶者特別控除の対象となる配偶者がいるにも関わらず、「扶養区分」タブ－「本人区分」の「配偶者有無」欄で「無」が設定されている場合などに表示されますが、「有（扶養申告有り）」に変更することでメッセージが消えます。