年末調整の計算処理が実行されていない可能性があります。
以下の手順で操作してください。

①【年末調整】－［年末調整入力］を選択し、年末調整内容を入力します。
②【年末調整】－［年末調整計算処理］を選択し、計算処理を実行します。

計算処理が完了すると、給与明細および年末調整一覧に精算額が反映されます。