給与明細を手入力で修正して保存すると、明細入力画面の修正欄が「はい」となりロックがかかるため、再計算結果が反映されなくなります。
計算結果を反映させるには、以下の手順で修正フラグを解除してください。

①【給与・賞与】－［給与計算処理］を選択します。
②＜職員番号照会 F5＞をクリックし、該当職員を選択します。
③「Shift + 修正解除 F5」で修正フラグを解除します。

修正解除後、再度、年末調整計算処理を実行してください。