はい、できます。

賞与等支給報告書画面で、支給範囲・職員範囲などの条件を指定し、＜ファイル作成＞をクリックします。

ファイル作成画面で「e-Gov申請用」にチェックを入れ、作成先のパスを指定します。
ファイル名を確認したうえで、＜データ作成＞をクリックしてください。