配偶者の「年調対象」が「非該当」になっている可能性があります。

以下の手順で確認してください。

①［職員情報］－［基本情報］の「扶養区分」タブを開きます。
②配偶者の「年調対象」が「非該当」になっている場合は、「該当」に変更します。
③必要に応じて扶養親族数を再計算します。
④［年末調整］－［年末調整］で、該当者の年調データを再計算します。