予算印刷の印刷条件で「大科目のみ印刷する」設定*はありますが、出力様式はPDFのみ対応しており、Excel出力はできません。

予算管理－予算表示内の各予算メニューから該当予算を開き、Excel出力したうえで不要な科目行を手動で削除してください。

*［予算印刷］メニュー内の「様式設定」から、共通タブ内の印刷オプション「大科目のみ印刷する」にチェック